晉武帝咸寧五年（公元279年），一夥盜墓賊在不準的帶頭下，在汲郡發掘魏襄王的古墓，汲郡是當年魏國的地盤。此事驚動官府，盜墓賊被抓獲。但隨著古墓一起重見天日的，卻是一大批上古的竹簡，書都不為當時所見，造成了一時的轟動。這批竹簡的數量相當巨大，搬運時總共裝了幾十車。其簡文皆用“蝌蚪文”寫成，難以認讀。晉惠帝任命衛恆釋讀整理，衛恆在永嘉之亂時遭難，由束皙繼續工作，最終寫定先秦古書約十餘種，共七十五篇。這些古書被人統稱為《汲冢書》，或名《竹書》、《汲冢古文》等。其中《竹書紀年》跟當時史書以及儒家經典都不合，可謂離經叛道，驚世駭俗。《竹書紀年》記載的詭秘，使之成為中國歷史上的一個迷霧。
《竹書紀年》經過西晉荀勖、束皙考正後，經過“永嘉之亂”，竹簡原本早已不復存世，但註釋本、考證本還在。又經過唐末五代的動盪，《竹書紀年》的初釋本、考正本也漸漸不復存在。南宋初年羅泌在所著《路史》中曾引《紀年》桓王十二年事，除多一字外，與今本全同，據此推斷今本最遲在南宋初年出現。元末明初乃至於明代中期，出現了今本《竹書紀年》。清朝人認為《今本竹書紀年》乃是明人偽作，研究竹書紀年的甚多，朱右曾輯成古本《竹書紀年》。王國維在此基礎上，輯成《古本竹書紀年輯校》。
《竹書紀年》之所以在後世失傳，除了受戰亂的影響，還有就在於學者不敢去面對它。正如清代朱右曾所著的《汲冢紀年存真》序中一針見血地說，：“學者錮於所習，以與《太史公書》及漢世經師傳說乖牾，遂不復研尋，徒資異論。越六百餘歲而是書復亡。”以致於宋代的一些著名目錄書《崇文總目》﹑《郡齋讀書志》﹑《直齋書錄解題》，對《竹書紀年》竟沒有隻字記載。
《竹書紀年》到底記載了什麼不為人知、驚世駭俗的史事？在它重出天日之後，使儒家學者們如此害怕它裡面的內容，不願去面對，以致於又逐漸在後世失傳。
我們都知道儒家是大談仁義道德的，自從孔孟以來，都講堯舜禪讓，那個時代多麼多麼美好。這些都歸納在《四書》《五經》等一批儒家經典中，司馬遷所著《史記》中也採納這些觀點。但是《竹書紀年》所不同的是，由於出自戰國時魏國士人之手，所以沒有後世那麼多的束縛，觀點非常新穎，真可謂驚世駭俗，離經叛道。
《竹書紀年》與儒家經典不同之處最重要的地方在於，儒家認為上古時代堯禪舜、舜禪禹，一脈相承，這些主要見於儒家經典《尚書》中。而《竹書紀年》的記載是：“昔堯德衰，為舜所囚。舜囚堯，復偃塞丹朱，使不與父相見也”。一反堯舜禹禪讓之說，而認為堯為舜所囚，並且“舜放堯於平陽”。還說“后稷放帝朱于丹水 ”，后稷就是舜，帝朱就是舜的兒子丹朱。為了爭奪帝位，囚殺自己的先主，放逐先主的兒子，哪有什麼天下為公的仁愛，簡直是敵人之間的仇殺。
在當時，儒家學說並沒有佔統治地位，社會上對於那段歷史還是有著很多不同的看法，比如《韓非子·說疑》篇就記載：“舜逼堯，禹逼舜，湯放桀，武王伐紂；此四王者，人臣弒其君者也。”由於這種說法的影響，以致於李白詩中也曾說：“君失臣兮龍為魚，權歸臣兮鼠變虎。或雲堯幽囚，舜野死”（《遠別離》）。
其次就是關於伊尹放逐太甲，太甲如何復位的問題。正統觀點，按照《史記》記載，是這樣的，“帝太甲既立三年，不明，暴虐，不遵湯法，亂德，於是伊尹放之於桐宮。三年，伊尹攝行政當國，以朝諸侯。帝太甲居桐宮三年，悔過自責，反善，於是伊尹乃迎帝太甲而授之政。”
但《竹書紀年》不同，太甲復位的經過卻是這樣的，“殷仲壬即位，居亳，其卿士伊尹。仲壬崩，伊尹乃放太甲於桐，而自立也。伊尹即位於太甲七年，太甲潛出自桐，殺伊尹，乃立其子伊陟。”按照語氣，商王仲壬駕崩，培植勢力的卿士伊尹趁機放逐太甲，自立為王。而伊尹則立志復仇，從桐宮潛回復國，殺了伊尹，但還是立了他的兒子為相。這就一反儒家伊尹不得已攝政、太甲遷善改過的美好面目，而變成一場政治陰謀和君臣間的仇殺。
從《竹書紀年》和後世儒家經典記載的分歧上看，就知道《竹書紀年》的所記載的歷史超乎當時人的想象，乃至我們現代人的想象。這也就是為什麼《竹書紀年》在發掘之後不被重視，特別是宋代理學盛行的時代，逐漸散失、遺落的原因。但《竹書紀年》記載了當時不同的歷史和觀點，在學術上和史料上都有相當重要的價值，對於全面瞭解那個時代，我們現代人是不容忽視的。
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